Theo đó, việc xác định tổ chức, cá nhân làm môi trường bị ô nhiễm, suy thoái được thực hiện theo các nguyên tắc chính: Ô nhiễm, suy thoái ở một khu vực địa lý tự nhiên do các nguồn phát sinh chất thải hoặc các hành vi xâm hại tại khu vực đó hoặc không tại khu vực đó nhưng tác động xấu đến khu vực đó; có cơ sở khoa học về tồn tại mối liên hệ giữa các chất gây ô nhiễm có thể phát sinh từ nguồn thải hoặc hành vi xâm hại với tình trạng suy giảm chức năng và tính hữu ích của môi trường; việc xác định tổ chức, cá nhân gây ô nhiễm, suy thoái môi trường phải đảm bảo kịp thời và công bằng.

Tổ chức, cá nhân làm môi trường bị ô nhiễm, suy thoái phải bồi thường toàn bộ thiệt hại đối với môi trường do mình gây ra, đồng thời phải chi trả toàn bộ chi phí xác định thiệt hại và thực hiện thủ tục yêu cầu bồi thường thiệt hại cho cơ quan đã ứng trước kinh phí theo quy định. Trường hợp có từ hai tổ chức, cá nhân trở lên làm môi trường bị ô nhiễm, suy thoái thì trách nhiệm bồi thường thiệt hại đối với môi trường, trách nhiệm chi trả chi phí xác định thiệt hại và thực hiện thủ tục yêu cầu bồi thường thiệt hại của từng tổ chức, cá nhân được xác định tương ứng với tỷ lệ gây thiệt hại trong tổng thiệt hại đối với môi trường. Tổ chức, cá nhân tuân thủ đầy đủ các quy định của pháp luật về bảo vệ môi trường, có hệ thống xử lý chất thải đạt yêu cầu và chứng minh được rằng không gây ô nhiễm, suy thoái môi trường thì không phải bồi thường thiệt hại đối với môi trường và không phải chịu các chi phí liên quan đến xác định thiệt hại và thực hiện thủ tục yêu cầu bồi thường thiệt hại.

Về giải quyết bồi thường thiệt hại đối với môi trường: Trên cơ sở dữ liệu, chứng cứ và kết quả tính toán thiệt hại, cơ quan có trách nhiệm yêu cầu bồi thường thiệt hại đối với môi trường quyết định giải quyết bồi thường theo các hình thức: Thỏa thuận việc bồi thường với người gây thiệt hại; yêu cầu trọng tài giải quyết; khởi kiện tại tòa án. Đồng thời, cơ quan có trách nhiệm yêu cầu bồi thường thiệt hại đối với môi trường được sử dụng khoản bồi thường sau khi trừ chi phí xác định thiệt hại và thực hiện thủ tục yêu cầu bồi thường thiệt hại để đầu tư khắc phục ô nhiễm, suy thoái và cải tạo môi trường nơi xảy ra ô nhiễm, suy thoái.Trường hợp ô nhiễm, suy thoái xảy ra trên địa bàn từ hai tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương trở lên thì khoản bồi thường thiệt hại sau khi trừ chi phí xác định thiệt hại và thực hiện thủ tục yêu cầu bồi thường thiệt hại được chuyển về Quỹ Bảo vệ môi trường Việt Nam để đầu tư khắc phục ô nhiễm, suy thoái và cải tạo môi trường nơi xảy ra ô nhiễm, suy thoái.