Theo đó, Doanh nghiệp được ưu tiên khi thực hiện thủ tục khai hải quan theo quy định tại Điều 43 Luật Hải quan; Được cơ quan hải quan và các cơ quan kinh doanh cảng, kho bãi ưu tiên làm thủ tục giao nhận hàng hóa trước, ưu tiên kiểm tra giám sát trước; Trường hợp hàng hóa phải kiểm tra chuyên ngành, doanh nghiệp được đưa hàng hóa nhập khẩu về kho của doanh nghiệp để bảo quản trong khi chờ kết quả kiểm tra chuyên ngành, trừ trường hợp pháp luật kiểm tra chuyên ngành có quy định hàng hóa phải kiểm tra tại cửa khẩu. Trường hợp hàng hóa phải kiểm tra chuyên ngành tại cửa khẩu thì được ưu tiên kiểm tra trước khi có các điều kiện sau:

          1. Tuân thủ pháp luật về hải quan, pháp luật về thuế: Trong thời hạn 02 năm liên tục tính đến thời điểm doanh nghiệp nộp văn bản đề nghị công nhận doanh nghiệp ưu tiên, doanh nghiệp không vi phạm các quy định của pháp luật về thuế, hải quan tới mức bị xử lý vi phạm về các hành vi trốn thuế; gian lận thuế; buôn lậu và vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới; các hành vi vi phạm hành chính có hình thức, mức xử phạt vượt thẩm quyền Chi cục trưởng Chi cục Hải quan và các chức danh tương đương.

2. Điều kiện về chấp hành tốt pháp luật về kế toán, kiểm toán: Áp dụng các chuẩn mực kế toán theo quy định của Bộ Tài chính; báo cáo tài chính hàng năm phải được kiểm toán bởi công ty kiểm toán đủ điều kiện kinh doanh dịch vụ kiểm toán theo quy định của pháp luật về kiểm toán độc lập. Ý kiến kiểm toán về báo cáo tài chính nêu trong báo cáo kiểm toán phải là ý kiến chấp nhận toàn phần theo chuẩn mực kiểm toán Việt Nam.

3. Điều kiện về hệ thống kiểm soát nội bộ: Doanh nghiệp phải thực hiện và duy trì hệ thống, quy trình quản lý, giám sát, kiểm soát vận hành thực tế trong toàn bộ dây chuyền cung ứng hàng hóa xuất, nhập khẩu của mình.

4. Điều kiện về kim ngạch xuất khẩu, nhập khẩu: Doanh nghiệp xuất khẩu, nhập khẩu đạt kim ngạch 100 triệu USD/năm; doanh nghiệp xuất khẩu hàng hóa sản xuất tại Việt Nam đạt kim ngạch 40 triệu USD/năm; doanh nghiệp xuất khẩu hàng hóa là nông sản, thủy sản sản xuất hoặc nuôi, trồng tại Việt Nam đạt kim ngạch 30 triệu USD/năm; đại lý thủ tục hải quan: số tờ khai làm thủ tục hải quan trong năm đạt 20.000 tờ khai/năm…

Ngoài những nội dung quy định cụ thể về thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu; thủ tục hải quan đối với phương tiện vận tải xuất cảnh, nhập cảnh, quá cảnh; kiểm tra sau thông quan…Nghị định cũng quy định trách nhiệm của người khai hải quan và tổ chức. cá nhân có liên quan trong việc thực hiện Cơ chế một cửa quốc gia, theo đó:

Người khai hải quan thực hiện khai thông tin, nộp chứng từ điện tử để thực hiện thủ tục hải quan và thủ tục hành chính của cơ quan nhà nước liên quan đến hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thông qua một hệ thống thông tin tích hợp (dưới đây gọi là Cổng thông tin một cửa quốc gia). Thời điểm khai thông tin, nộp chứng từ điện tử thực hiện theo quy định của các Luật quản lý chuyên ngành và các văn bản hướng dẫn thực hiện các Luật quản lý chuyên ngành.

          Các cơ quan nhà nước tiếp nhận và xử lý thông tin của người khai hải quan; phản hồi kết quả xử lý cho người khai hải quan; trao đổi thông tin khai thủ tục hành chính và kết quả xử lý thông tin khai thủ tục hành chính giữa các cơ quan nhà nước với nhau thông qua Cổng thông tin một cửa quốc gia.

Người khai hải quan tiếp nhận kết quả xử lý từ các cơ quan nhà nước thông qua Cổng thông tin một cửa quốc gia.

Cơ quan hải quan căn cứ kết quả xử lý của các cơ quan nhà nước để ra quyết định cuối cùng về thông quan hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, quá cảnh và phản hồi kết quả cho người khai hải quan thông qua Cổng thông tin một cửa quốc gia.