Thông tư quy định quy trình kiểm dịch y tế đối với người nhập cảnh, xuất cảnh và quá cảnh bao gồm: Tiếp nhận và xử lý thông tin; giám sát đối với người không có yếu tố nguy cơ; kiểm tra y tế đối với người có yếu tố nguy cơ; xử lý y tế.
Theo đó, Thông tư quy định kiểm dịch viên y tế áp dụng các biện pháp khám lâm sàng đối với trường hợp nghi ngờ mắc bệnh hoặc mang tác nhân gây bệnh truyền nhiễm; lấy mẫu xét nghiệm trong trường hợp nghi ngờ mắc bệnh truyền nhiễm nhóm A. Đối với người bị nghi ngờ mắc bệnh hoặc mang tác nhân gây bệnh truyền nhiễm thuộc nhóm A, kiểm dịch viên y tế áp dụng các biện pháp dự phòng lây truyền bệnh; chuyển đến phòng cách ly tại khu vực cửa khẩu; khám sơ bộ, điều trị ban đầu hoặc chuyển về cơ sở y tế theo quy định. Đối với người bị phơi nhiễm bởi yếu tố nguy cơ sức khỏe, ngoài việc thực hiện các quy định trên, tùy theo tình hình thực tế, kiểm dịch viên y tế có thể áp dụng thêm biện pháp khử trùng, tẩy uế để loại bỏ yếu tố nguy cơ sức khỏe.
Người tiếp xúc với người nhập cảnh thuộc đối tượng quy định trên, kiểm dịch viên y tế lập danh sách đầy đủ các thông tin về họ tên, điện thoại và địa chỉ liên lạc để báo cáo cơ quan có thẩm quyền theo quy định, đồng thời áp dụng một hoặc nhiều biện pháp sau: áp dụng các biện pháp dự phòng; sử dụng vắc xin, sinh phẩm y tế; tuyên truyền, tư vấn phòng chống dịch bệnh.
Đối với người không có hoặc có giấy chứng nhận tiêm chủng quốc tế hoặc áp dụng biện pháp dự phòng nhưng hết hiệu lực, kiểm dịch viên y tế thực hiện việc tiêm chủng vắc xin, sinh phẩm y tế hoặc áp dụng biện pháp dự phòng phù hợp với quy định về phòng, chống bệnh truyền nhiễm.
Sau khi hoàn thành việc xử lý y tế theo quy định, kiểm dịch viên y tế cấp giấy chứng nhận tiêm chủng quốc tế hoặc áp dụng biện pháp dự phòng và kết thúc quy trình kiểm dịch.
Ngoài ra, Thông tư cũng quy định cụ thể quy trình kiểm dịch y tế tại cửa khẩu đường bộ, đường sắt; tại cửa khẩu đường hàng không và tại cửa khẩu đường thủy đối với phương tiện vận tải; thi thể, hài cốt, tro cốt; mẫu vi sinh y học, sản phẩm sinh học, mô, bộ phận cơ thể người nhập cảnh, xuất cảnh và quá cảnh.