Theo đó, Tổng cục Biển và Hải đảo Việt Nam được giao các nhiệm vụ và quyền hạn như sau:

Nghiên cứu, soạn thảo các văn bản pháp luật, chiến lược, quy hoạch, kế hoạch, các chương trình, đề án, dự án và công trình quan trọng quốc gia phục vụ quản lý nhà nước tổng hợp và thống nhất về biển và hải đảo. 

Tham gia xây dựng chiến lược, chính sách, đề án về quốc phòng, an ninh, ngoại giao liên quan đến phát triển kinh tế - xã hội, chủ quyền, quyền chủ quyền và các quyền tài phán quốc gia của Việt Nam trên biển và hải đảo; các cơ chế, chính sách về quản lý các ngành, nghề khai thác sử dụng tài nguyên biển do các bộ, ngành, địa phương chủ trì xây dựng.

Thực hiện việc quản lý, điều tra cơ bản về biển, hải đảo, trong đó có việc chủ trì xây dựng chương trình, nhiệm vụ, đề án, dự án điều tra cơ bản tài nguyên và môi trường biển, khảo sát, thăm dò, nghiên cứu khoa học biển, đại dương; tiếp nhận, thẩm định hồ sơ và thực hiện thủ tục cấp phép đối với hoạt động nghiên cứu khoa học có yếu tố nước ngoài tại các vùng biển, hải đảo thuộc chủ quyền của Việt Nam. 

Ngoài ra còn được giao thực hiện các nhiệm vụ như: Quản lý tổng hợp, khai thác, sử dụng biển và hải đảo; kiểm soát tài nguyên và bảo vệ môi trường biển, hải đảo; hợp tác quốc tế; xây dựng cơ sở dữ liệu quốc gia về tài nguyên, môi trường biển, hải đảo; tuyên truyền, nâng cao nhận thức về quản lý, bảo vệ và phát triển bền vững các vùng biển, ven biển và hải đảo Việt Nam; nghiên cứu, ứng dụng khoa học, công nghệ phục vụ quản lý nhà nước tổng hợp và thống nhất về biển, hải đảo...

Về cơ cấu tổ chức, Tổng cục Biển và Hải đảo Việt Nam có 16 tổ chức trực thuộc, trong đó có 08 tổ chức hành chính giúp Tổng cục trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước và 08 tổ chức sự nghiệp phục vụ chức năng quản lý nhà nước của Tổng cục Biển và Hải đảo Việt Nam./.