Theo đó, đối với hành vi vi phạm hành chính được phát hiện, lập biên bản và ban hành quyết định xử phạt vi phạm hành chính, quyết định cưỡng chế phá dỡ trước ngày Nghị định số 121/2013/NĐ-CP có hiệu lực thi hành nhưng đến ngày Nghị định này có hiệu lực mà chưa thi hành và còn trong thời hạn thi hành thì tiếp tục thi hành trừ trường hợp: Hành vi xây dựng sai phép, không phép, sai thiết kế được phê duyệt, sai quy hoạch xây dựng hoặc thiết kế đô thị được duyệt mà đã ban hành quyết định xử phạt vi phạm hành chính, quyết định cưỡng chế phá dỡ theo quy định tại Nghị định số 23/2009/NĐ-CP nhưng chưa thực hiện, nếu xét thấy việc xây dựng không vi phạm chỉ giới xây dựng, không gây ảnh hưởng công trình lân cận, không có tranh chấp, xây dựng trên đất thuộc quyền sử dụng hợp pháp và trong quy hoạch đất này được phép xây dựng thì người có thẩm quyền xử phạt vi phạm hành chính xem xét, quyết định:
Hủy quyết định cưỡng chế phá dỡ; Ban hành quyết định áp dụng bổ sung biện pháp khắc phục hậu quả thu hồi số lợi bất hợp pháp có được bằng 40% giá trị phần xây dựng sai phép, không phép đối với công trình là nhà ở riêng lẻ và bằng 50% giá trị phần xây dựng sai phép, không phép, sai thiết kế được phê duyệt, sai quy hoạch xây dựng hoặc thiết kế đô thị được duyệt đối với công trình thuộc dự án đầu tư xây dựng công trình hoặc công trình chỉ yêu cầu lập báo cáo kinh tế - kỹ thuật xây dựng công trình.
Đối với trường hợp theo quy định phải có giấy phép xây dựng, cơ quan cấp giấy phép xây dựng có trách nhiệm điều chỉnh hoặc cấp giấy phép xây dựng sau khi chủ đầu tư chấp hành đầy đủ quyết định xử phạt vi phạm hành chính, quyết định áp dụng bổ sung biện pháp khắc phục hậu quả. Quyết định áp dụng bổ sung biện pháp khắc phục hậu quả lập theo Mẫu quyết định số 01 ban hành kèm theo Thông tư này.
Đối với hành vi vi phạm hành chính xảy ra trước ngày Nghị định số 121/2013/NĐ-CP có hiệu lực thi hành mà sau ngày Nghị định này có hiệu lực thi hành mới bị phát hiện (mà còn trong thời hiệu xử phạt vi phạm hành chính) hoặc phát hiện trước đó nhưng chưa ban hành quyết định xử phạt vi phạm hành chính và còn thời hạn ban hành quyết định xử phạt, nếu áp dụng Nghị định số 121/2013/NĐ-CP có lợi cho tổ chức, cá nhân có hành vi vi phạm đó thì áp dụng Nghị định số 121/2013/NĐ-CP./.