Theo đó, thời hiệu khiếu nại việc giải quyết bồi thường, xem xét trách nhiệm hoàn trả trong hoạt động quản lý hành chính và thi hành án dân sự là 90 ngày, kể từ ngày nhận được quyết định hành chính hoặc biết được quyết định hành chính, hành vi hành chính. Trường hợp người khiếu nại không thực hiện được quyền khiếu nại theo đúng thời hiệu vì ốm đau, thiên tai, địch họa, đi công tác, học tập ở nơi xa hoặc vì những trở ngại khách quan khác mà có giấy tờ hợp lệ làm căn cứ để chứng minh, thì thời gian có trở ngại đó không tính vào thời hiệu khiếu nại.
Ngoài ra, Thông tư liên tịch cũng quy định người khiếu nại có thể rút khiếu nại tại bất cứ thời điểm nào trong quá trình khiếu nại và giải quyết khiếu nại; việc rút khiếu nại phải được thực hiện bằng đơn có chữ ký hoặc điểm chỉ của người khiếu nại; đơn xin rút khiếu nại phải gửi đến người có thẩm quyền giải quyết khiếu nại. Người có thẩm quyền giải quyết khiếu nại khi nhận được đơn xin rút khiếu nại thì đình chỉ việc giải quyết khiếu nại bằng hình thức ban hành Quyết định đình chỉ giải quyết khiếu nại và gửi Quyết định đình chỉ giải quyết khiếu nại cho người khiếu nại biết.