Theo đó, Thông tư áp dụng cho đối tượng là Trung tâm Lưu ký Chứng khoán Việt Nam, Kho bạc Nhà nước, ngân hàng thanh toán giao dịch trái phiếu Chính phủ, ngân hàng thành viên thanh toán, tổ chức mở tài khoản trực tiếp, tổ chức thanh toán tiền trực tiếp, tổ chức thanh toán tiền gián tiếp và các cơ quan, tổ chức, cá nhân tham gia giao dịch trái phiếu Chính phủ.
Thông tư quy định, tổ chức thanh toán tiền gián tiếp tạm thời thiếu hụt khả năng thanh toán tiền giao dịch trái phiếu Chính phủ được sử dụng tiền vay của ngân hàng thành viên thanh toán theo thỏa thuận hỗ trợ thanh toán ký kết giữa các bên phù hợp với quy định của pháp luật. Trường hợp thỏa thuận hỗ trợ thanh toán của hai bên có quy định sử dụng chứng khoán để làm tài sản đảm bảo cho khoản vay, Trung tâm Lưu ký Chứng khoán Việt Nam sẽ thực hiện phong tỏa chứng khoán theo đề nghị của ngân hàng thành viên thanh toán.
Ngân hàng thành viên thanh toán, thành viên lưu ký là ngân hàng thương mại, tổ chức mở tài khoản trực tiếp là ngân hàng thương mại tạm thời thiếu hụt khả năng thanh toán tiền giao dịch trái phiếu Chính phủ được Ngân hàng Nhà nước Việt Nam hỗ trợ thông qua nghiệp vụ thấu chi và cho vay qua đêm để thực hiện thanh toán tiền giao dịch trái phiếu Chính phủ.
Trường hợp đến thời hạn thanh toán theo quy định mà bên mua vẫn không đủ tiền để thực hiện thanh toán, Trung tâm Lưu ký Chứng khoán Việt Nam sẽ lùi thời hạn thanh toán đối với giao dịch tạm thời thiếu hụt khả năng thanh toán tiền theo đề nghị của bên mua đã được bên bán chấp thuận. Theo đó, việc lùi thời hạn thanh toán được thực hiện theo nguyên tắc sau:
Thứ nhất, thời hạn lùi tối đa là hai (02) ngày làm việc kể từ ngày thanh toán của giao dịch thiếu tiền;
Thứ hai, trường hợp bên mua có đủ tiền để thanh toán trong thời hạn (02) ngày, giao dịch lùi thời hạn thanh toán sẽ được thực hiện thanh toán như giao dịch trái phiếu Chính phủ thông thường.
Thứ ba, trường hợp hết thời hạn thanh toán mà bên mua không có đủ tiền thanh toán thì Trung tâm Lưu ký Chứng khoán Việt Nam thực hiện loại bỏ thanh toán giao dịch theo quy định tại Thông tư này.
Bên mua thiếu tiền có giao dịch bị lùi thời hạn thanh toán phải chịu hoàn toàn trách nhiệm đối với các tổn thất phát sinh cho khách hàng và thành viên có liên quan do giao dịch không được thanh toán theo đúng thời hạn quy định. Mức bồi thường do các bên tự thỏa thuận theo quy định pháp luật hiện hành.
Trung tâm Lưu ký Chứng khoán Việt Nam hướng dẫn chi tiết các biện pháp khắc phục tình trạng tạm thời thiếu hụt khả năng thanh toán giao dịch trái phiếu Chính phủ.
Thông tư cũng quy định về việc xử lý vi phạm đối với thành viên lưu ký, tổ chức mở tài khoản trực tiếp, ngân hàng thành viên thanh toán thiếu hụt khả năng thanh toán. Cụ thể: Thành viên lưu ký, tổ chức mở tài khoản trực tiếp, ngân hàng thành viên thanh toán thiếu hụt khả năng thanh toán giao dịch trái phiếu Chính phủ phải áp dụng các cơ chế hỗ trợ hoặc bị lùi thời hạn thanh toán, loại bỏ thanh toán giao dịch sẽ bị xem xét xử lý tuỳ theo mức độ vi phạm. Việc xử lý vi phạm được thực hiện theo các quy định pháp luật hiện hành. Riêng đối với thành viên lưu ký còn phải thực hiện theo các quy chế của Trung tâm Lưu ký Chứng khoán Việt Nam.