Việc hỗ trợ kinh phí thực hiện theo nguyên tắc và cơ chế như sau:

Về hỗ trợ dân sinh, khôi phục cơ sở hạ tầng: Chỉ xem xét hỗ trợ từ nguồn dự phòng ngân sách trung ương đối với những địa phương có mức thiệt hại lớn vượt quá khả năng cân đối ngân sách địa phương.

Căn cứ tình hình thiệt hại, nhu cầu cứu trợ, hỗ trợ và đề xuất phương án khắc phục của địa phương; Quỹ phòng, chống thiên tai và nguồn tài chính hợp pháp khác; dự phòng ngân sách địa phương, dự phòng ngân sách trung ương còn lại; việc hỗ trợ kinh phí khắc phục hậu quả thiên tai cho các địa phương được phân theo các nhóm sau:

- Ngân sách trung ương hỗ trợ các địa phương chưa tự cân đối được ngân sách;

- Ngân sách trung ương hỗ trợ các địa phương có điều tiết các khoản thu phân chia về ngân sách trung ương dưới 50%;

- Các địa phương còn lại, ngân sách địa phương tự đảm bảo kinh phí.

- Trường hợp đặc biệt do Thủ tướng Chính phủ quyết định.

Về hỗ trợ giống cây trồng, vật nuôi, thủy sản để khôi phục sản xuất vùng bị thiên tai: Thực hiện theo Quyết định số 142/2009/QĐ-TTg ngày 31 tháng 12 năm 2009 và Quyết định số49/2012/QĐ-TTg ngày 08 tháng 11 năm 2012 của Thủ tướng Chính phủ sửa đổi, bổ sung Điều 3 của Quyết định số 142/2009/QĐ-TTg ngày 31 tháng 12 năm 2009 của Thủ tướng Chính phủ về cơ chế, chính sách hỗ trợ giống cây trồng, vật nuôi, thủy sản để khôi phục sản xuất vùng bị thiên tai; và các văn bản khác có liên quan. Trường hợp các văn bản trên được sửa đổi, bổ sung, thay thế thì áp dụng theo văn bản sửa đổi, bổ sung, thay thế đó.

Về hỗ trợ thiệt hại do nắng nóng, hạn hán: Thực hiện hỗ trợ theo quy định tại Nghị định số 143/2003/NĐ-CP ngày 28 tháng 11 năm 2003 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Pháp lệnh khai thác và bảo vệ công trình thủy lợi. Trường hợp nắng nóng, hạn hán, xảy ra gây thiệt hại hoặc ảnh hưởng nghiêm trọng đến sản xuất, sinh hoạt của nhân dân, ngân sách địa phương sau khi bố trí lại ngân sách, dự phòng, quỹ dự trữ tài chính vẫn không đủ, Ủy ban nhân dân cấp tỉnh báo cáo Thủ tướng Chính phủ; Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn chủ trì, tổng hợp tình hình thiệt hại, nhu cầu kinh phí hỗ trợ từ ngân sách nhà nước của các địa phương, đề xuất phương án hỗ trợ gửi Bộ Tài chính. Trên cơ sở đề xuất của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, tình hình sử dụng dự phòng ngân sách địa phương và ngân sách trung ương Bộ Tài chính chủ trì, phối hợp với Bộ Kế hoạch và Đầu tư tổng hợp trình Thủ tướng Chính phủ xem xét, quyết định từ nguồn dự phòng ngân sách trung ương.